Nguồn gốc của Hadoop đến từ các bài viết File System Google[1] được xuất bản vào tháng 10 năm 2003. Bài viết này là một bài nghiên cứu được sản sinh ra từ Google - MapReduce: Xử lý dữ liệu đơn giản trên các cluster lớn[2] Bắt đầu phát triển trên dự án Apache Nutch, nhưng đã được chuyển qua dự án con Hadoop mới trong tháng 1 năm 2006.[3] Doug Cutting đã làm việc tại Yahoo! vào thời điểm đó,[4] đặt tên Hadoop theo tên của con voi đồ chơi của con trai mình.[5]

Hadoop 0.1.0 được phát hành vào tháng 4 năm 2006[6] và tiếp tục phát triển bởi nhiều người đóng góp đến dự án Apache Hadoop.[7]